2006թ. սեպտեմբերից Քաունթերփարթ Ինթերնեյշնլ հայաստանյան ներկայացչության հետ կնքվել է ՔԶՀՀ ինստիտուցիոնալ զարգացման ծրագրի պայմանագիր: Ծրագիրը նպատակ ունի խթանել ՔԶՀՀ-ի զարգացումը և տրամադրել նրան բավարար հնարավորություններ անցնելու հատուկ սերտիֆիկացում` միջազգային ստանդարտներին համապատասխանելու և մեծ դրամաշնորհային ֆոնդեր կառավարելու հնարավորության վերաբերյալ:

Այս ծրագրի շնորհիվ ՔԶՀՀ-ն մեծ առաջընթաց է ունեցել՝ որպես հասուն կազմակերպություն և պրոֆեսիոնալ թիմ կայանալու գործում: Ծրագրի շնորհիվ աշխատակազմը մասնակցել է 50-ից ավելի զարգացման միջոցառումների, կազմակերպությունը հնարավորություն է ստացել մշակել է իր կարգերի և ընթացակարգերի ամբողջական համակարգը և կատարելագործել պլանավորման ու կառավարման իր հմտությունները: Բացի այդ, այս ծրագիրը նպաստեց ՔԶՀՀ ծառայությունների համակարգի մշակմանն ու կայացմանը: Որպես ծրագրային արդյունքի փայլուն դրսևորում` 2009թ-ին Քաունթերփարթ ինթերնեյշնլի և ԱՄՆ ՄԶԳ-ի կողմից ՔԶՀՀ-ին շնորհվեց հավաստագիր` որպես կազմակերպական և ֆինանսական կառավարման, դրամաշնորհների ղեկավարման և ծառայությունների մատուցման միջազգային չափանիշներին ամբողջությամբ համապատասխանող կազմակերպություն: 

Ծրագրի ընդհանուր ժամանակահատվածն էր` 2006թ. սեպտեմբերից մինչև 2009թ. օգոստոս ամիսը: Ծրագրի ընդհանուր բյուջեն է 19'200 ԱՄՆ դոլար: